Для подключения Яндекс Метрики перейдите в Продвижение => SEO => Анализ. Зайдите в настройки:
Перейдите к блоку Метрика:
Укажите счетчик и включите Метрику. Можете подключить Вебвизор и электронную коммерцию. Метрика будет учитывать только посетителей исключая персонал сайта.